Nors žalioji rupūžė yra plačiai paplitusi Europoje ir Azijoje, kai kuriose valstybėse, įskaitant ir Lietuvą, ši varliagyvių rūšis nyksta dėl nerštaviečių naikinimo. Būtent todėl 2007 m. ji buvo įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą.
Žaliąją rupūžę galima sutikti visoje Lietuvoje, nors ji paplitusi nevienodai. Dažnesnė pietų, pietvakarių ir vidurio Lietuvoje. Dažnai randamos urbanizuotose teritorijose: miesteliuose, kaimuose, parkuose, daržuose, soduose.
Ką daryti, kad šis gamtai labai reikalingas gyvūnas neišnyktų? Visų pirma savo soduose nustokime naudoti pesticidus. Turime žinoti, kad nelikus šių gyvūnų turėsime žymiai daugiau bėdos. Gamtininkai įspėja, kad tada mūsų auginamą derlių užpuls kenkėjai. Būtent rupūžės juos sunaikina.
Lietuvos ornitologų draugija skelbia, kad visi varliagyviai labai jautriai reaguoja į kintančią aplinką. Net ir visais metų laikais tinkamose gyventi vietose jų kasmet mažėja. Didėjantis gyventojų skaičius, pramonės ir žemės ūkio plėtra neigiamai veikia gyvąją gamtą, sutrikdo jos pusiausvyrą. Dėl to mažėja arba pakinta natūralios gyvūnų veisimosi ir gyvenamosios buveinės. Daugiausia žalos varliagyviai patyrė dėl melioracijos – nusausintų šlapių pievų, balų, užverčiamų kūdrų, ištiesinamų ir grioviais paverčiamų upelių, taip pat sausinamų natūraliai šlapių miškų.
Labai svarbios varliagyviams ir žiemojimo vietos. Vieni gyvūnėliai žiemas leidžia vandenyje, kiti – sausumoje. Smailiasnukės varlės, visų rūšių rupūžės, kūmutės, česnakės, medvarlės ir tritonai žiemoja sausumoje. Jie slepiasi graužikų urveliuose, po kelmais, po perpuvusių ar sumintų šakų krūvomis, akmenimis, po apgriuvusiais pastatais, rūsiuose, užsi-rausia puriose samanose, prie durpynų esančiose durpių ir sustumdyto grunto, lapų krūvose. Dėl pasirinktų netinkamų žiemoviečių daug gyvūnėlių nesulaukia pavasario. Šaltomis besniegėmis žiemomis, kai žiemojimo vietose temperatūra nukrinta žemiau –1 °C, žūsta sausumoje žiemojančios varlės ir rupūžės.