Specialus tabakas (dažnai turintis gana malonų kvapą ir skonį, kas dažniausiai ir klaidina) kaitinamas išskiria dūmus, kurie keliauja per vandenį, žarnelę, kandiklį ir patenka į rūkančiojo kvėpavimo takus. Esmė ta, jog tabakas lieka tabaku, o vanduo išfiltruoja tik pačias sunkiausias daleles – deja, jos nėra kenksmingiausios.
Kaljano rūkytojai įtraukia netgi daugiau nuodingų medžiagų, nei paprastų cigarečių mylėtojai, kadangi per vieną seansą (kuris trunka kartais net iki valandos) surūkomas kur kas didesnis tabako kiekis.
Nors vandens pypkių žala dar tik pradedama tyrinėti, mokslininkai jau padarė kelias neginčijamas išvadas:
Kaljano rūkymo metu į kvėpavimo takus patenka daug kenksmingų medžiagų, tokių kaip derva, anglies monoksidas, sunkieji metalai ir vėžį sukeliančių medžiagų dalelės (kancerogenai). Beje, anglies monoksido kiekis būna didesnis, nei rūkant paprastas cigaretes.
Kaip ir kiekvienu tabako vartojimo atveju, rūkant kaljaną išauga tikimybė susirgti burnos, gerklės ir plaučių vėžiu, širdies ir kitomis sunkiomis ligomis.
Vandens pypkių tabakas turi tiek pat nikotino, todėl jo rūkymas sukelia priklausomybę.
Iškvėpti dūmai, nors ir būdami kvapnūs, yra lygiai tokie pat kenksmingi, kaip ir cigarečių. Dėl to žalą sveikatai patiria ir tie asmenys, kurie yra patalpoje su rūkančiaisiais.
Kaljano vengti turėtų ir nėščios moterys, kadangi jo rūkymas gali paskatinti neišnešioto kūdikio gimimą.