Pasak literatūrologės Jūratės Sprindytės, Vanda Juknaitė „parašė nedaug (jeigu padalytume trims dešimtmečiams, po naują knygą išeitų maždaug kas penkerius metus), bet visos jos knygos labai pastebimos, o lietuvių moterų prozos raidoje – etapinės. Kiekvienas Juknaitės žodis ir net skiemuo – ypač gerai pasvertas“.
Debiutavusi apsakymų rinkiniu „Ugniaspalvė lapė“ (1983), vėliau išleido romaną „Šermenys“ (1990), apysaką „Stiklo šalis“ (1995), esė rinkinį „Išsiduosi. Balsu“ (2002), pokalbius su sudėtingo likimo vaikais „Tariamas iš tamsos“ (2007), dvi pjeses, sudėtas į knygą „Ponios Alisos gimtadienis“ (2010). Kartu su Elena Nijole Bukeliene parašė knygą „Saulėlydžio senis: Romualdo Granausko kūrybos interpretacijos“ (2004), yra publikavusi kritikos straipsnių apie šiuolaikinę literatūrą. Drama „Formulė“ pastatyta Lietuvos nacionaliniame dramos teatre ir Rygoje (rež. Gytis Padegimas). 2004 m. pagal Juknaitės apysaką „Stiklo šalis“ režisierė Janina Lapinskaitė pastatė to paties pavadinimo filmą. 2012 m. pagal knygos „Tariamas iš tamsos“ idėją režisierė Giedrė Beinoriūtė sukūrė dokumentinį filmą „Pokalbiai rimtomis temomis“.
„XX a. pabaigoje sustiprėjusią lietuvių moterų prozos bangą Juknaitė savitai papildė mergaitės, moters, motinos, yrančios šeimos, neapsaugotų vaikų temomis. Rašytoja subtiliai atstovauja moteriško subjekto pozicijoms be specialaus užsiangažavimo feministinei ideologijai“, – rašo Jūratė Sprindytė.
Vandos Juknaitės kūryba išversta į anglų, latvių, lenkų, rusų, švedų, vokiečių, hebrajų ir kitas kalbas.
Rašytojos nuopelnai įvertinti daugybe premijų: J. Paukštelio, Žemaitės, J. Grušo, Gabrielės Petkevičaitės-Bitės, Juozo Keliuočio. 2008-aisiais kūrėja apdovanota Lietuvos nacionaline premija už „santūrų humanizmą ir literatūros lauko išplėtimą“. 2003-aisiais – Gedimino ordino Karininko kryžiumi, 2004 m. – Lietuvos Respublikos Vyriausybės meno premija. 2016 m. rašytoja Vanda Juknaitė buvo paskelbta Tolerancijos metų žmogumi.