Anksčiau miestelis priklausė Krinčino parapijos filijai. Krinčino miestelyje stovėjo medinė koplytėlė, o vidų puošė Jėzaus Kristaus statula. Kunigas Tilvytis savo poemoje „Daujėnai“ teigė, kad statula buvo atvežta iš Jeruzalės. Tačiau vieną naktį Jėzaus skulptūra pradingo. Ilgai ieškota buvo surasta Daujėnų laukuose, ant akmens prie šaltinio. Nuo to laiko į miestelį pradėjo plūsti maldininkai. Garsėjanti stebuklais statula paskatino statyti mūrinę Daujėnų bažnyčią.
Legendomis apipinti pasakojimai teigia, kad bažnyčią statė didikas, tačiau pritrūko pinigų. Tada klebonas Šarkevičius pradėjo rinkti aukas grūdais, maisto produktais, gyvuliais. Viską parduodavo, o už gautas lėšas užbaigė bažnyčios statybos darbus. 1803 metais iškilo Daujėnų Švč. Jėzaus vardo šventovė. Iš baltai dažytos bažnyčios bokšto atsiverdavo Vabalninko, Krinčino, Pasvalio apylinkės.
1904 metais įsteigtos parapijos kapinės. Pastatyti iškilmingi vartai, sudarę trijų bokštelių ornamentą. Kapuose takus apsodino ištisomis alėjomis. Po kelių metų nuo kapinių atidarymo iš Varšuvos atvyko dailininkai – vykdė bažnyčios vidaus restauracijos darbus.
Sekminės į miestelį sutraukdavo minias žmonių iš visų artimiausių apylinkių. Būrius maldininkų ir kitas procesijas viliodavo bažnyčios viduje buvusi Jėzaus Nazariečio statula. Jėzaus galvą puošė auksinis erškėčių vainikas, o prie šventoriaus buvo Šventa bala vadintas šaltinis. Išsiliejęs į slėnį atrodė kaip nedidelis tvenkinys. Bėgantį vandenį parapijiečiai laikė šventu ir trindavo juo žaizdas. Atsinešdavo tuščią tarą ir pilnus butelius nešdavosi namo. Prieš antrąjį pasaulinį karą jaunalietuviai šaltinėliui pastatė cementinį rentinį. Aikštelę aptvėrė tvorele, pasodino gėles.
Likus porai dienų iki Sekminių sugužėdavo šimtai vežimų. Rikiuodavosi iš abiejų pusių gatvės per visą miestelį. Iki pat kapinių tvoros statėsi palapines ir varžydavosi dėl kiekvienos vietos. O visais aplinkkeliais plaukdavo pulkai elgetų. Okupuodavo ūkininkų daržines, klojimus ir pašiūres. Penktadienio vakare pradėdavo plaukti maldininkai iš tolimesnių kampelių – pėsti, raiti ir važiuoti. Kiekvienoje pievoje ganydavo savo arklius. Prasidėdavo erzinantis triukšmas ir nutildavo tik antradienį vakare – Sekminių trečiąją dieną.
Minios davatkų aplink bažnyčią eidavo keliais. O klebonas prieš atlaidus tą kelią pabarstydavo žvyru. Atgailos metu reikėdavo patirti ir fizinį skausmą. Niekas nieko už dyką neduoda, – per sakyklą skambėjo klebono balsas. Dvarininkės su puošniom sukniom neatsilikdavo nuo davatkų. Visi buvo patenkinti ir laimingi, nors keliai kraujuodavo nuo nubrozdinimų.
Pamaldose spūstis tapdavo nežmoniška. Dažnai pasigirsdavo isteriškas moters klyksmas ir iš šventoriaus išnešdavo apalpusią maldininkę. Minioje sunkiai stumdydavosi aukų rinkėjai, kunigai ir baltose „komžose“ paskendę bažnyčios maršalkos. Skambėdami variokai ir „sidabrinukai“ greitai užpildydavo metalines lėkšteles. O prie stebuklingojo šaltinėlio mamos stumdėsi su tuščiais buteliais rankose. Vieni braidžiodavo šaltinio balose, plaudavo pavargusias kojas, kiti vandenį semdavo puodeliais ir gerdavo vietoje.
Bandydami perrėkti vienas kitą dešimtys elgetų giedodavo įvairias giesmes. Čirpindavo armonikas ir tampydavo praeiviams už skvernų ir suknelių.
Palapinėse pardavinėdavo „kvasą“, limonadą, saldainius, „pipirninkus“ ir galanteriją. Šviežios dešros, skanios „kilbasos“, – šaukdavo praeiviams. Virdavo kopūstus ir čirškindavo mėsą.
Gryčiose, seklyčiose ir svirnuose plaukė naminio alaus upės. Ir tik litas už „uzboną“. Daujėniškiai vadino save geriausiais naminio alaus specialistais Lietuvoje. Kiekvienas ūkininkas laikydavo po kelias statines atsargai. Tačiau vandens šuliniuose pritrūkdavo. Todėl ištroškę gerdavo rausvą pasaldintą vandenį. Stiklinė kainuodavo dešimt centų. Arkliai atsigaivindavo upelyje.
Bronius Kviklys teigė, kad su Daujėnų bažnyčia buvo siejamas poeto, kunigo Antano Strazdo atminimas. Gyvendamas netoli miestelio, aplankydavo bažnyčią, sakydavo pamokslus.
Spaudos draudimo laikotarpiu aktyviai veikė knygnešiai Jurgis Bielinis ir Kazimieras Čiuplinskas. 1910 metais iškilo Daujėnų mokyklos namai. Mokė valstiečių vaikus amato.
Atgavus nepriklausomybę, 1919 metais, buvo sukurta savivaldybė, tačiau laisvės skonį užgniaužė įsiveržę bolševikai. Susikūrė daujėniškių partizanų būrys. Šimtinė vyrų prisijungė prie kitų Joniškėlių partizanų būrių. Nepriklausomybės kovose penkias savaites laikė frontą ties Krinčino-Unciškės-Lebeniškių ruožu. Mūšyje galvas padėjo trys vyrai.