Apskaičiuojama, kad sukilime dalyvavo 16-20 000 kovotojų, susitelkę į apytikriai 400 partizanų būrių. Žuvo maždaug 650 sukilėlių, sukilimo centre Kaune – 161 partizanas. Net perpus sumažinus sukilėlių skaičių iki 8-10 000 žmonių, aišku, kad sukilime dalyvavo lietuvių visuomenės ir tautos skerspjūvis, o ne tik „radikalai“, vokiečių simpatikai, kiti kraštutinių pažiūrų žmones.
Negalima neigti Lietuvių aktyvistų fronto (LAF) vaidmens, bet nereikia jo pervertinti, LAF vadovavimas sukilimui buvo labiausiai simbolinis, nors sukilėliai veikė jos vardu.
Pati okupacija, raudonasis teroras bei sovietų pastangos sunaikinti tradicinę visuomenę, taigi pats gyvenimas ir savisaugos instinktas, stūmė lietuvius sukilti – ne atsišaukimai ar kurjeriai iš Berlyno. Ir be Berlyno LAF sukilėlių būriai būtų stoję kovon su sovietais, ypač provincijoje.
Studentai ateitininkai, skautai, buvę šauliai, universiteto dėstytojai, jauni karininkai, jaunųjų ūkininkų ratelių nariai gaivališkai steigė viena nuo kitos nepriklausomas grupes, kurios palaikė nepastovius ir ribotus tarpusavio ryšius.
Išskyrus ypatingus atvejus, sukilėliai nestojo į kovą su Raudonosios armijos daliniais. Jiems labiau rūpėjo apsaugoti svarbius pastatus, išlaisvinti kalinius iš kalėjimų, atstatyti tvarką bei apginti gyventojus nuo miškuose besislapstančių sovietų karių ir ginkluotų partijos aktyvistų.
Nors Birželio 28 d. Kaune nebebuvo ginkluotų raudonarmiečių, tad duotas įsakymas sukilėliams grąžinti savo ginklus, rytų Aukštaitijoje visą liepą vyko susidūrimai su ginkluotais būriais. Kartais tyčiojamasi iš sukilėlių, esą jie tik apšaudė panikos pagautus ir iš Lietuvos sprunkančius kompartijos vadovus ir talkininkus. Pavojai buvo realūs, užmirštama, kad birželio 26 d. raudonarmiečiai nužudė daugiau negu 200 žmonių Pravieniškių lageryje, kuris buvo mažiau negu 30 kilometrų nuo Kauno.
Birželio sukilimas yra ir liks vienas kontroversiškiausių Lietuvos istorijos įvykių, nes jis glaudžiai siejamas su Holokaustu, vienų istorikų laikomas savotiška uvertiūra į masines žudynes, kuriose dalyvavo ir kai kurie sukilėliai. Sukilėlis sukilėliui nebuvo lygus. Vieni tučtuojau griebėsi ginklo, antri įsijungė padėčiai aprimus, o treti nedrįso priešintis, bet vien plėšikavo ar dalyvavo žydų persekiojime.
Būta sukilėlių, kurie kovojo su okupantu ir po to padėjo savo ginklus, bet būta ir tų, kurie, išvarius sovietus, suskubo įsitraukti į žudynes. Didvyriai galėjo tapti niekšais. Bronius Norkus iškėlė trispalvę ant Prisikėlimo bažnyčios bokšto, bet ir vadovavo vienam Rollkommando Hamman būriui, masiškai naikinusiam žydus provincijoje.
Kontroversijos gaubia ir Lietuvos laikinąją vyriausybę (LLV), kuri pradėjo veikti birželio 23 d. ir buvo priversta prieš savo valią nutraukti savo veikimą rugpjūčio pradžioje.
Vokietijos kariuomenės nesutiko ištikimi vietos nacionalsocialistai, pasiryžę vykdyti Berlyno nurodymus. Nepriklausomybės paskelbimas ir LLV sudarymas buvo netikėtas ir vokiečiams itin nepageidautinas žingsnis.
Numatytam ministrui pirmininkui K. Škirpai nebuvo leista grįžti į Lietuvą. Vokiečiai neleido LLV naudotis susisiekimo priemonėmis, turėti automobiliai buvo atimti, vėliau ir patalpos, foto nuotraukų negatyvai buvo konfiskuoti ir sunaikinti. Nuo birželio 30 d. spaudoje, net dienraštyje „Į Laisvę“, buvo drausta minėti LLV, daryti užuominas apie Lietuvos valstybę.
Vokiečių SS itin atkakliai reikalavo, kad LLV nutrauktų savo veiklą, jos vieton sudarytų pasitikėjimo tarybą – Vertrauensrat. LLV atsisakius, buvo peršamas giminingas variantas – vyriausybė ne išsiskirsto, bet persikrikštija, tapdama patikėtinių taryba. Gestapo pareigūno H. Greffe žodžiais, ji pakeistų vizitinę kortelę. Buvo atmestas ir šis reikalavimas.
Vokiečiai beveik visą liepos mėnesį tikėjo, kad LLV paklus nurodymams ir liausis veikusi. Mėnesio viduryje Gestapo vadovas Heinrichas Muller rašė, kad Raštikio organizuojamos grupės neužsiims jokia nepriklausoma veikla, o ankstesnė įvykių raida Lietuvoje anaiptol „neatitiko vokiečių siekių“ ir „jai visais atvejais turi būti užkirstas kelias“.
Liepos 19 d. Einsatzgruppe vadovas Stahleckeris rašė, kad sukurta Raštikiui pavaldi patikėtinių tarybos rūšis, kuri dirba pagal mūsų nurodymus. Tik mėnesio pabaigoje vokiečiai pripažino, kad jų planai žlugo.
Visa tai rodo, kad LLV nebuvo nacių įtvirtinta, palaiminta ir oficialiai pripažinta marionetinė vyriausybė. Tuo LLV skyrėsi nuo Slovakijos ir ypač Kroatijos valdžios, kurios vadovams Vokietija suteikė palaiminimą ir net parvežė ustašių vadą Antę Paveličių iš egzilo Italijoje. Statytiniams suteikiama valdžia, o ne atimama, stengiamasi juos sustiprinti, o ne pakirsti.
Daugeliu atžvilgių LLV atvejis yra unikalus. Ji nominaliai perėmė šalies valdymą ne vykdydama vokiečių nurodymus, bet priešindamasi jų norams.
Sukildama prieš sovietus, ji siekė ne nuversti teisėtą šalies valdžią, bet ją atkurti ir pristatyti vokiečius prieš įvykdytą faktą – atkurtą Lietuvos valstybę.
LLV atsisakė būti aklu nacių valdžios įrankiu, bet buvo pasiryžusi su Vokietija bendradarbiauti, taigi kolaboruoti, bet tik jei kokia nors forma būtų pripažintas Lietuvos suverenumas. Tai ji išsakė savo atsistatydinimo rašte Lietuvos generaliniam komisarui von Rentelnui:
„Mes tikime, kad atsimindama nuolatinį lietuvių tautos draugiškumą, Vokietijos Reicho vadovybė pripažins Lietuvos valstybės tolesnį gyvavimą. Būdama giliai įsitikinusi Vokiečių tautos ir jos Fuhrerio teisingumu, lietuvių tauta lauks šio pripažinimo. Tuo pačiu metu mes pareiškiame, kad lietuvių tauta yra nuoširdžiai pasiryžusi bendradarbiauti su Didžiuoju Vokietijos Reichu, ypač jo žygyje dėl tautų išlaisvinimo ir bolševikų sunaikinimo, o taip pat kuriant naująją Europos tvarką“.
Vokiečiams atsisakius pritarti šitokiam valstybiniam kolaboravimui, Laikinoji Vyriausybė sustabdė savo veikimą.
Neginčytina, kad LLV padarė klaidų. Ji viešai neprotestavo prieš žydų žudymą, deramai neįvertino žydams ruošiamo likimo, priėmė žydus diskriminuojančių įstatymų, nepakankamai energingai reagavo į VII forte vykdomas žudynes, perdėm uoliai siekė vokiečiams parodyti savo gerą valią ir tuo iškovoti Lietuvos suverenumo pripažinimą.
Vis dėl to reikia didžiuotis sukilimu kaip laisvės siekio išraiška. Nesukilo nei estai, nei latviai. Laikinoji vyriausybė atsisakė in corpore tapti nacių talkininke, tuo ir pasėdama vėlesnio pasipriešinimo grūdą.