– Kaip suprantu, PGR testai rodo tik tiek, ar žmogus serga koronavirusu, ar ne. O kaip nustatoma, kokia jam atmaina? Ar testai parenkami atsitiktiniu būdu ir po to siunčiami į kitas laboratorijas?
– Taip, teisingai, PGR nustato tik tai, ar dabar žmoguje yra virusas – ar jis užsikrėtęs ir serga COVID–19. Bet jis neparodo atmainos. Norint nustatyti atmainą, reikia pažiūrėti į viruso genetinę informaciją. Tai galima padaryti keliais būdais. Galima tuo pačiu PGR būdu, bet tai nespecifinis, labai retai naudojamas metodas. Galima atlikti ir sekoskaitos tyrimus. Sekoskaita yra genetinės informacijos nuskaitymas, sužinojimas. Pagal tai, kokia genetinė informacija, galima pamatyti, kokia viruso atmaina. Lietuvoje sekoskaitos tyrimus atlieka 4 laboratorijos, mėginiai siunčiami ir į Europos centrinę laboratoriją, kur taip pat yra sekvenuojami. Lietuvoje sekoskaitą atlieka Santaros klinikos, Vilniaus universitetas ir Lietuvos sveikatos mokslų universiteto Kauno klinikos. Visą procesą koordinuoja Nacionalinė visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija. Ji išvežioja mėginius į laboratorijas, kurios atlieka sekoskaitą.
Mėginių tyrimas visą laiką keičiasi priklausomai nuo epidemiologinės situacijos šalyje. Tačiau kasdien atsitiktine tvarka parenkami bent 5 proc. teigiamų atvejų iš skirtingų Lietuvos miestų, kad būtų galima stebėti, kokiose apskrityse kokia atmaina dominuoja. Kadangi šiuo metu norime kuo tiksliau sužinoti, kaip paplitusi omikron atmaina, papildomai visiems teigiamiems atvejams iš užsienio atliekama sekoskaita, taip pat tie atvejai, kai nuo koronaviruso mirė labai jauni pacientai. Į laboratorijas siunčiami ir taip vadinami „S dropout“ – kai PGR tyrimas aptinka tik 2 genus iš 3. O 3 geno nėra dėl to, kad įvykusi mutacija, kuri būdinga omikron atmainai. Jei jau PGR tyrimo metu matosi, kad yra „S dropout“, tikėtina, kad bus omikron atmaina. Ne 100 proc., bet labai dažnai tai pasitvirtina.
– Kiek užtrunka tokie tyrimai?
– Pats PGR tyrimas užtrunka apie 3 valandas, žinoma, tai priklauso ir nuo logistikos. Sekoskaita užtrunka apie savaitę. Visų pirma, iš visos Lietuvos mėginiai turi atkeliauti į vieną laboratoriją, tada laboratorijoje dvi dienas ruošiamos taip vadinamos bibliotekos. Aparatas daro, ieško, įvedinėja informaciją, reikia išanalizuoti daug duomenų, sudėlioti viruso genomą, kad būtų nustatoma atmaina. Procesas labai ilgas, bet ne tik Lietuvoje taip yra. Standartiškai visame pasaulyje šis procesas labai ilgas ir sekoskaitos rezultatų dažniausiai reikia laukti 2 savaites.
– Bet ir paprastas PGR mėginys jau leidžia įtarti, kad tai yra omikron atmaina, o ne delta ar kokia nors kita?
– Taip, teisingai.
– Kiek per dieną Lietuvoje išvežama tirti mėginių dėl koronaviruso atmainų?
– Lietuvoje per dieną dažniausiai atliekama apie 10 tūkstančių PGR tyrimų, iš jų būna apie 1 000 teigiamų. Iš to 1 000 teigiamų maždaug 5–10 proc. keliauja į sekoskaitos laboratoriją. Kaip ir minėjau, sekoskaita yra labai ilgas procesas, 4 laboratorijos, savaime suprantama, negali labai daug ištirti. Per mėnesį maždaug 2–3 tūkstančiams teigiamų atvejų atliekama sekoskaita.
– O ar gali būti taip, kad žmogus susirgo, jam atliko PGR testą, bet nebuvo atlikta sekoskaita, dėl to žmogus nežino, kad iš tiesų serga omikron atmaina?
– Visada įmanoma, tačiau nereikia galvoti, kad omikron kažkuo labai įspūdingas ar kitoks, žinome, kad sausį jis bandys išstumti delta, o sausio pabaigoje tikriausiai delta jau bus išstumta. Čia tik dabar toks pereinamasis laikotarpis, kai iki galo nežinome, kaip elgtis su šia atmaina, dėl to yra papildomos priemonės.
– Mėginiai tyrimams iš dalies parenkami atsitiktiniu būdu, tai reiškia, kad mes tiksliai nežinome, kiek pas mus yra omikron atvejų?
– Taip, bet dažniausiai galima tai paskaičiuoti statistiškai. Jei matome, kad, tarkime, 10 proc. iš teigiamų atvejų yra omikron atmaina, galima pasakyti, kad Lietuvoje jau 10 proc. visų sergančiųjų koronavirusu, turi omikron atmainą. Vėlgi, atmainų yra labai daug, koronavirusas jų turi daugiau nei 1000. Tikrai nereikia galvoti, kad jei nustatyta omikron atmaina, bus daug geriau ar daug blogiau. Nereikia per daug į tai kreipti dėmesio paprastiems žmonėms.
– Kalbama, kad mūsų turimi testai, tiek PGR, tiek greitieji, omikron atmainą aptinka sunkiau nei kitas. Ar tai tiesa, ar mitas?
– Tai yra mitas. Lietuvoje naudojami testai yra tinkami ir jie tiksliai aptinka ligą. PGR tyrimas apskritai yra vienas tiksliausių molekulinių tyrimų, kuris gali aptikti infekciją, nebūtinai koronaviruso, bet ir kitas.
– Dirbate laboratorijoje su šia atmaina, galbūt jau turite kokių pastebėjimų apie omikron atmainą, kažką įdomaus pastebėjote?
– Šiuo metu ne tik Lietuvos, bet ir kiti mokslininkai atlieka daug tyrimų dėl šios atmainos. Daugiausiai duomenų skelbiama apie ligos simptomatiką ir sunkumą. Tai, kad virusas plinta daug greičiau ir greičiau užkrečiamas, jau yra patvirtinta ir nėra apie ką diskutuoti. Tačiau tai, kad simptomai švelnesni ir mirtingumas mažesnis, jau irgi patvirtina pirmieji moksliniai straipsniai ir panašu, kad taip ir bus. Belieka tikėtis, kad virusas nebus linkęs evoliucionuoti blogąja linkme ir liks mums mažiau pavojingas.
– Ačiū už pokalbį.