Skelbiama, kad šiuo metu beveik visuose teigiamą PGR tyrimo atsakymą turinčiuose mėginiuose, kurie yra tikrinami papildomu specialiuoju kiekybiniu PGR (qPCR) metodu, preliminariai nustatančiu viruso atmainą, yra įtariama omikron atmaina.
Pagal šį metodą, Kalėdų laikotarpiu paplitimas greičiausiai buvo mažesnis nei 10 proc., o šiuo metu paplitimas tikėtina viršija 90 proc.
„Nors šis metodas nėra skirtas galutinai patvirtinti viruso atmainai, tačiau, mūsų skaičiavimais, jo rezultatai šiuo metu turi gerai sutapti su patikimais sekoskaitos rezultatais, kurie dėl sudėtingo proceso atsilieka apie porą savaičių nuo ėminio paėmimo datos. Preliminariuoju atmainos nustatymo metodu šiuo metu yra ištiriama apie trečdalis visų teigiamų mėginių, tad ši statistika yra reprezentatyvi Lietuvos dinamikai“, – rašoma Statistikos departamento paskyroje.
Toliau Statistikos departamentas paaiškina, kaip nepasimesti tarp trijų laboratorinių metodų – diagnostinio PGR, kiekybinio PGR ir sekoskaitos tyrimo.
Diagnostinis PGR tyrimas, galintis aptikti virusą mėginyje, rodo, kad jeigu atsakymas yra teigiamas, tai asmuo yra užsikrėtęs SARS-CoV-2 virusu.
Jeigu atliekant specialųjį qPCR tyrimą, galintį aptikti dominančias viruso mutacijas, nustatoma S baltymo delecija (chromosomos struktūrinė mutacija, – red. past.), įtariama omikron atmaina, nes šios delecijos neturi delta atmaina, o ji iki šios sudarė beveik 100 proc. atvejų. Jei minėtosios delecijos nenustatoma, atvejui įtariama delta atmaina.
Sudėtingas, lėtas, bet labai patikimas sekoskaitos tyrimas, galintis nustatyti viruso atmainą pagal tiksliai nuskaitytą genomo seką, patvirtina omikron arba kitą atmainą.
Svarbu atsižvelgti į įtariamų omikron atmainos atvejų proporciją nuo atliktų tyrimų (iliustracijos viršutinė kairė pusė) ir tirtų mėginių skaičiaus (iliustracijos apatinė kairė pusė). Dešinėje pusėje esantys grafikai rodo, kaip su laiku keitėsi sekoskaitos metodu patvirtintų omikron ir delta atmainų dalis tarp įtartų omikron ir delta atvejų.
Dešinėje pusėje viršuje esanti iliustracijos rodo, kad jau gruodžio pabaigoje virš 90 proc. qPCR metodu nustatytų įtariamų omikron atmainos atvejų pasitvirtino ir, tikėtina, kad šiuo metu ši dalis yra dar didesnė dėl didėjančio paplitimo.