Daugelį metų draustinio teritorijoje buvo vykdomi miško kirtimai. Iškilus gamtininkų ir visuomenės diskusijoms ir nerimui bei prezidento Gitano Nausėdos susirūpinimui, aplinkos ministras Kęstutis Mažeika sustabdė miško kirtimus. Taip pat ministras pareiškė, kad nuo š.m. spalio 15 d. bus atšauktos visos medžioklės.
Tačiau įsteigus rezervatą visame šile yra ir išeitis. Pagal pasaulyje visuotinai pripažintos prestižinės gamtosaugos organizacijos Tarptautinės gamtos apsaugos sąjungos (IUCN) priimtus sprendimus, gamtiniai rezervatai yra suskirstomi į dvi subkategorijas – Ia ir Ib. Ia subkategorija yra griežtos apsaugos teritorija, kur galimi tik moksliniai tyrimai ir rezervato darbuotojų priežiūros darbai, o žmonių lankymasis yra draudžiamas. Ib subkategorijos teritorijos yra tvarkomieji rezervatai, kur yra leidžiamas ribotas lankymasis ir gali būti atliekami riboti buveinių tvarkymo darbai, tam parengus gamtotvarkos planus. Tokiu būdu vietiniai gyventojai galėtų nustatytu laiku ribotai lankytis.
Remiantis Lietuvos Respublikos saugomų teritorijų įstatymu rengiant Tvarkymo planus (schemas) galima išskirti griežtos apsaugos rezervatinių miškų ir reguliuojamos apsaugos rezervatinių miškų zonas. Tai atitinka ir tarptautinius reikalavimus, tačiau tam turi būti parengti tvarkymo planai (schemos). Tokiu būdu būtų vietinių gyventojų lankymosi problemą galima išspręsti leidžiant vietiniams gyventojams ribotai lankytis reguliuojamoje apsaugos zonoje. Taip pat parengus tvarkymo ar gamtotvarkos planus šioje zonoje būtų galima atlikti ir ribotus buveinių tvarkymo darbus, kas yra negalima griežtos apsaugos zonoje. Visas gamtinių rezervatų reglamentavimas yra patvirtintas minėtame įstatyme. Reikia atkreipti dėmesį, kad Punios šilo zonoje yra tik keli kaimai su mažu gyventojų skaičiumi. Į planuojamą teritoriją patenka Padaglės viensėdis, Stražiškių ir Strazdinės kaimų teritorijos, Panemuninkų kaimo teritorijos dalis. Tokiu būdu nedidelis gyventojų skaičius neigiamo poveikio neturėtų, leidžiant nustatytu laiku reguliuojamoje apsaugos rezervato zonoje uogauti ir grybauti.
Ne vien lankymosi ribojimas iššaukia gamtinio rezervato priešininkų neigiamą požiūrį. Tai būtų ir medžioklės uždraudimas. Tai pabrėžia ir gamtosaugininkai, taip pat apie tai viešai pasisakė ir buvęs aplinkos ministras Kęstutis Navickas (https://www.delfi.lt/grynas/gamta/navickas-apie-kirtimu-stabdyma-punios-sile-sitoje-istorijoje-esme-slypi-medziokleje.d?id=81929757). Jo manymu, miškų kirtimų sustabdymas yra teigiamas žingsnis, tačiau rezervato steigimui buvęs ministras ir gamtosaugininkai įsitikinę, kad svarbiausia kliūtis gali būti ne vietinių gyventojų lankymosi apribojimas, o medžioklės uždraudimas.
Tyrimai Punios šile buvo atliekami ne vienos organizacijos ir mokslininkų. Vieni pirmųjų darbų vadovaujant prof. J. Balevičienei buvo atlikti Lietuvos gamtos fondo1994 – 1995 m. Lietuvos gamtos fondas nustatė, kad vertingiausios buveinės ir saugomų rūšių radimvietės yra ne rezervacinėje zonoje. Dėl to buvo kreiptasi į Aplinkos ministeriją, kad visas Punios šilas būtų paskelbtas rezervatu, tačiau ministerija to nepadarė. Vėliau buvo atliekami ir kitų mokslininkų tyrimai, taip pat parengta disertacija. Tačiau Nemuno kilpų regioninio parko planavimo schemoje (tvarkymo plane), kuri buvo patvirtinta Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1997 m. kovo 17 d. Nutarimu Nr. 244 „Dėl Nemuno kilpų regioninio parko planavimo schemos“ nebuvo numatyta steigti visą Punios šilą gamtiniu rezervatu. Pažymėtina, kad buvo ir atskirų mokslininkų bei gamtosaugininkų iniciatyvų, raginančių visą Punios šilą steigti rezervatu, tačiau Aplinkos ministerija ir Valstybinė saugomų teritorijų tarnyba nepritarė šioms iniciatyvoms.
2017 m. VĮ Valstybės žemės fondas atliko Nemuno kilpų regioninio parko planavimo schemos (ribų ir tvarkymo planų) korektūrą. Šio darbo sprendiniuose taip pat buvo siūloma: apjungti regioninio parko Punios šilo gamtinį rezervatą ir Punios šilo botaninį-zoologinį draustinį į vieną – Punios šilo gamtinį rezervatą; tvarkymo plane išskirti griežtos apsaugos ir reguliuojamos apsaugos kraštovaizdžio tvarkymo zonas; nustatyti apsaugos ir tvarkymo priemones ir t.t. Šis darbas yra rimtas argumentas steigti Punios šilą gamtiniu rezervatu.
Šiuo metu Nemuno kilpų regioniniame parke yra išskirtos Funkcinio prioriteto zonos (kuri apima Punios šilo gamtinį rezervatą, Punios šilo botaninį - zoologinį draustinį, taip pat Kraštovaizdžio tvarkymo zonos. Tokiu būdu Punios šilas yra tvarkomas tokiais principais, kaip ir visas regioninis parkas. O tai neužtikrina unikalaus Punios šilo apsaugos.
Dabartinė apsaugos ir tvarkymo situacija neužtikrina tinkamo unikalaus Punios šilo apsaugos, dėl to būtina kuo skubiau steigti gamtinį rezervatą. Tokios kosmetinės priemonės, kaip laikinas miško kirtimo sustabdymas, laikinas medžioklės uždraudimas neišsaugos vertingo Punios šilo ateities kartoms.