Genetiniai tyrimai parodė, kad šie delfinai atsiskyrė nuo savo upinių giminaičių prieš 2 milijonus metų. Dabar jie gyvena Aragvajos upėje, kuri jau nebėra Amazonės intakas ir izoliavosi nuo jos baseino panašiu metu, kai aragvajinis delfinas atsiskyrė nuo savo protėvių.

Buvo nustatyta, kad naujosios rūšies ir Amazonės upės delfinų – Inia geoffrensis - protėviai tie patys. Pastarieji yra vieni iš penkių tikrųjų upinių delfinų tipų, kurie pripažinti rečiausiais ir labiausiai nykstančiais gyvūnais pasaulyje.
Aragvajaus upės delfino žandikaulis (CC-SA/Tomas Hrbek, Vera Maria Ferreira da Silva, Nicole Dutra, Waleska Gravena, Anthony R. Martin, Izeni Pires Farias darbas)

Paskutinį kartą nauja delfinų rūšis buvo atrasta 1918 metais Kinijoje. Ji išnyko maždaug 2006 metais. Pasak Tarptautinės gamtos apsaugos sąjungos („International Union for Conservation of Nature“- angl.), trys iš keturių prieš tai žinomų upinio tipo delfinų yra ant išnykimo ribos.

Mokslininkai paskaičiavo, kad Aragvajos upės delfinų yra likę tik apie 1000, todėl jie siūlo šią rūšį įrašyti į „pažeidžiamiausiųjų“ sąrašą, kad būtų sumažintos aplink vykstančių nevaldomų statybų bei hidroelektrinių veiklos grėsmės.

Nors aragvajiniai delfinai atrodo labai panašios išvaizdos į savo „pusbrolius“, plaukiojančius Amazonės ir Bolivijos upėse, tačiau genetiškai jie skiriasi pakankamai, kad būtų pripažinti skirtingų rūšių individais.