Geriausiai auga natūraliuose drėgnuose brandžiuose, vidutiniškai apšviestuose lapuočių ir mišriuose miškuose. Kartais jų gausu pažeistose buveinėse: miško griovių pakraščiuose, pakelėse, tačiau tokiose vietose aukštąsias gegūnes greitais nustelbia kiti aukštaūgiai augalai.
Tyrimais nustatyta, kad buveinėse, kuriose veši žolių danga, jauni aukštosios gegūnės individai neatlaiko kitų žolių konkurencijos ir žūva. Tokiose buveinėse ilgiau išsilaiko tik subrendę individai, bet populiacijos laipsniškai degraduoja. Aukštosios gegūnės gerai auga šienaujamose pamiškių pievose.
Aukštosios gegūnės dauginasi sėklomis. Subrendusioms sėkloms būtina ramybės periodas ir jos sudygsta pavasarį. Gamtoje sėklos dygsta tik į gemalą įsiskverbus mikorizinio (dažniausiai Rizoctonia genties) grybo hifams. Daigai būna 1-2 mm balto gumulėlio pavidalo, vystosi po žeme. Jauni augalai apie 3 metus neišaugina lapų, juos maitina grybai. Pirmasis lapas išdygsta tik po 3-4 metų.
Atsižvelgiant į buveinės sąlygas, pirmą kartą individas pražysta sulaukęs tik 6 – 17 metų, tačiau žinoma atvejų, kad ypač palankiomis sąlygomis augalai pražysta jau trečiaisiais augimo metais. Suaugę individai gali nutraukti ryšius su grybais ir augti savarankiškai, bet jei susidaro nepalankios sąlygos, mikoriziniai ryšiai vėl atsinaujina.
Kiekvienas norintis žydinčias orchidėjas gali išvysti keliaudamas Dūkštų ąžuolyno pažintiniu taku.