Juodieji gandrai yra bailūs, vengia žmonių, todėl paprastam prašalaičiui iš arti pamatyti šį sparnuotį beveik nėra galimybių. Manoma, kad šiuo metu paukščių populiaciją Lietuvoje sudaro maždaug 700 porų. Šie paukščiai aptinkami beveik visoje Lietuvoje, gausiau Vidurio Lietuvoje. Gana didelė juodųjų gandrų dalis įsikuria Biržų, Šimonių, Žaliojoje giriose.
Mėgsta mišrius spygliuočių ir lapuočių miškus, drėgnas, pelkėtas vietoves. Dažniausiai maitinasi šalia gyvenamų vietų esančiuose vandens telkiniuose: natūraliuose upeliuose, ežerų pakrantėse, balose, vandens kanaluose, drėgnose pievose. Gaudo smulkias žuvis, varles, bestuburius, graužikus.
Rudeninė šių paukščių migracija prasideda rugpjūčio mėnesį. Per vieną dieną jie įveikia apie 100 –300 kilometrų. Iš tolimų kraštų juodieji gandrai į Lietuvą parskrenda kovo mėnesį. Poras kuria visam gyvenimui. Lizdavietei renkasi miško gilumą – peri senuose ąžuoluose, drebulėse, juodalksniuose. Šie sparnuočiai arba suka atskirą savo lizdą iš smulkių šakelių, šapų arba apsistoja kitų plėšriųjų paukščių lizduose (vanagų, erelių, suopių). Juodųjų gandrų dėtis prasideda balandžio mėnesį. Patelė sudeda nuo 2 iki 5 žalsvai baltų kiaušinių. Perėjimo laikotarpis trunka apie mėnesį. Tėvai prižiūri ir šildo kiaušinius pakaitomis.
Neseniai išsiritę jaunikliai būna pūkuoti ir šviesūs, geltonais snapais ir rausvomis kojelėmis. Augdami patamsėja, kojos bei snapas įgauna pilkšvą, žalsvai rusvą atspalvį. Skraidyti pradeda praėjus maždaug dviem mėnesiams nuo išsiritimo. Lytiškai subręsta trečiais gyvenimo metais.
Juodųjų gandrų populiacijos mažėjimui įtaką daro tinkamų perėjimui medžių kirtimas, žmonių trikdymas. Norint išsaugoti šiuos unikalius sparnuočius, svarbu saugoti jų lizdavietes, reguliuoti miško ūkio veiklą, užtikrinti, kad gyvūnai nebūtų trikdomi, išvaikomi iš jau egzistuojančių savo perėjimo vietų.
Į Lietuvos raudonąją knygą paukštis įrašytas dar 1976 metais. Juoduosius gandrus saugo Berno ir Bonos konvencijos, Paukščių direktyvos nuostatai.