Prieskoniai paprastai būna maltos, grūstos arba apdorotos sėklos, šaknys arba žievė. Prieskonių ir žolelių paklausa Europoje auga. Tai daugiausia lemia tokios tendencijos, kaip sveika gyvensena, susidomėjimas naujais skoniais ir nauda organizmui. Nepalankūs sveikatai maisto ingredientai, tokie kaip druska, cukrus ir sintetiniai priedai, vis dažniau keičiami prieskoniais ir žolelėmis.
Daugumos prieskonių augimui reikalingos tam tikros klimatinės sąlygos, todėl dažniausiai jie auginami tropinėse arba pusiau tropinėse šalyse, kur sanitarinės ir maisto tvarkymo sąlygos ne visada yra geros. Dėl higienos sąlygų šiuose regionuose prieskoniai yra ypač jautrūs mikrobiologinei taršai per maistą plintančiais ligų sukėlėjais.
Kai kurie patogeniniai mikroorganizmai randami vietiniame dirvožemyje, kiti patenka per dulkes, purvą, vabzdžių ir gyvūnų ar žmonių išmatas, su kuriomis prieskoniai gali kontaktuoti augimo, derliaus nuėmimo metu ir perdirbant. Patogenai gali patekti į prieskonius bet kurio jų tvarkymo proceso metu tarp derliaus nuėmimo ir patekimo į vartotojo namus – plaunant, džiovinant, transportuojant, maišant, pakuojant, sandėliuojant ar platinant.
Mikrobiologinę taršą prieskoniuose gali sukelti aerobiniai gedimo organizmai, sporas sudarančios bakterijos, aukštai temperatūrai atsparios toksinus gaminančios bakterijos, proteolitinės ir dujas gaminančios bakterijos bei mikotoksinus gaminantys mikroorganizmai. Iš visų prieskonių didžiausias aerobinių mikroorganizmų skaičių nustatomas juoduosiuose pipiruose, jis dažnai viršija 106 ksv/g. Paprikoje, salierų sėklose, kalendroje, ciberžolėje, čiobreliuose, bazilikuose ir kituose prieskoniuose taip pat gali būti nustatomi milijonai bakterijų viename grame.
Nemažai mikroorganizmų yra sunaikinami prieskonių ir žolelių džiovinimo metu, tačiau daugelis bakterijų ir pelėsinių grybų gali išgyventi. Jei prieskoniai nėra tinkamai saugomi ir transportuojami, į juos gali patekti ir pradėti daugintis patogenai. Jei produktas pakankamai sausas, dauguma pelėsinių grybų ir bakterijų negalės juose augti. Tačiau, jei yra nedidelis kiekis bakterijų, o prieskonis yra įdedamas į vidutiniškai arba daug drėgmės turinčius maisto produktus, tokius kaip apdorota mėsa arba pieno produktai, juose gali pradėti daugintis mikroorganizmai.
Europos Komisijos skubių pranešimų dėl nesaugaus maisto ir pašarų sistemos (RASFF) pagalba valstybėms narėms pranešama apie nustatytą rimtą tiesioginį ar netiesioginį pavojų žmonių sveikatai dėl nesaugaus maisto ar pašarų. 2015–2017 metais šia sistema buvo išsiųsti 78 pranešimai dėl prieskoniuose nustatytų mikroorganizmų (salmonelių, E. coli, Bacillus spp. ir listerijų). Daugiausia pranešimų buvo dėl pipirų (ypač dėl juodųjų pipirų).
2015–2017 metais Nacionaliniame maisto ir veterinarijos rizikos vertinimo institute buvo ištirta beveik 800 prieskonių mėginių. Dalyje tirtų prieskonių buvo nustatyti šie mikroorganizmai – enterobakterijos, lūžinės klostridijos, koliforminės bakterijos, aerobiniai mikroorganizmai, Bacillus cereus, mielės, pelėsiniai grybai. Iš 9 labiausiai bakterijomis užterštų prieskonių mėginių net 4 buvo kmynų mėginiai. Tokie tyrimų rezultatai rodo Gerosios praktikos stoką gamyboje ir nepakankamą žaliavų kontrolę. ES teisės aktais prieskonių mikrobiologinė tarša nėra reglamentuota.
Prieskoniai paprastai sudaro labai mažą galutinio produkto dalį, tačiau, priklausomai nuo produkto savybių, atsiranda tikimybė augti mikroorganizmams, o tai gali sukelti riziką vartotojų sveikatai. Todėl reikia nepamiršti tinkamų laikymo sąlygų ir prieskonius laikyti sausose, vėsiose ir švariose vietose. Taip pat labai svarbu atsirinkti patikimus prieskonių gamintojus ir tiekėjus bei niekada nenaudoti prieskonių pasibaigus jų tinkamumo vartoti terminui.