Prof. Margarita Šešelgytė yra VU TSPMI direktorė. Prieš tai prof. Margarita Šešelgytė dirbo VU TSPMI direktoriaus pavaduotoja studijoms, Baltijos Gynybos Koledže (Tartu, Estija), Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijoje bei Europos komitete prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės.
VU Tarptautinių santykių ir politikos mokslų institute įgijo politikos mokslų bakalauro (1999 m.) ir magistro (2001 m.) laipsnį. 2007 m. apgynė disertaciją apie bendrą ES gynybos identitetą. Institute dirba nuo 2007 m.
Prof. Margarita Šešelgytė yra Baltijos gynybos koledžo garbės narė, „Ares Group“ valdybos narė ir žurnalo „Baltic Security and Defence Review“ (Baltijos gynybos koledžas) redakcinės kolegijos narė. Pagrindiniai jos mokslinių tyrimų interesai – ES užsienio ir saugumo politika, saugumo ir gynybos studijos, tarptautiniai santykiai ir užsienio politikos analizė.
Vadovavo dr. Neringos Bladaitės disertacijai „Visuomeninio saugumo neapibrėžtumas: NATO mažųjų valstybių atvejis“ bei šiuo metu yra instituto doktorantės Emilės Indrašiūtės disertacijos „Galių (dis)balanso samprata kibernetinėje erdvėje: nepriklausomų kibernetinės erdvės veikėjų įtaka kibernetinei valstybės galiai“ vadovė.
Priklausymas VU ir TSPMI darbo grupėms, taryboms ir kt.:
VU TSPMI Taryba; Tarptautinių santykių katedra; Adaptyvios lyderystės centras; Doktorantūros komitetas; Globalių iššūkių politikos studijų programos komitetas; Rytų Europos ir Rusijos studijų programos komitetas; Tarptautinių santykių ir diplomatijos studijų programos komitetas.
Priklausymas valstybės valdymo institucijų, valstybės ir savivaldybių įstaigų, įmonių ir organizacijų, verslo subjektų sudarytose darbo grupėse, komisijose ar komitetuose:
Europos Komisijos atstovybės Lietuvoje Europos Sąjungos ekspertų tinklo (Team EUROPE DIRECT) narė.
Margarita Šešelgytė taip pat yra ir viena iš „Delfi“ iniciatyvos SAUGU ekspertų. „Delfi“ iniciatyvos „Saugu“ metu įgyvendina inovaciją žiniasklaidoje: su saugumu susijusias temas, norint atskleisti platesnį jų kontekstą, komentuoja profesionalūs ekspertai.