1946 metais Morta už jaunatvišką, atvirą meilę Tėvynei Lietuvai, už kritiškas pastabas sovietinės valdžios pataikūnų adresu, už antitarybinių atsišaukimų platinimą ir už religingumą pakliuvo į okupuotos Lietuvos valdininkų nemalonę. Dėl to jai teko atsisveikinti su Marijampolės pedagogine mokykla.
Morta Linkaitė grįžo į gimtinę ir įsitraukė į pogrindinę veiklą – į kovą su okupantais. Ši jos veikla susiklostė savaime, labai natūraliai, nes jau anksčiau ji pažino Tauro apygardos Geležinio Vilko rinktinės kovotojus. Netrukus jų sodyboje buvo įrengta rinktinės štabo slėptuvė. Morta Linkaitė tapo asmenine Juozo Lukšos-Skirmanto ryšininke. Bunkeryje ji davė priesaiką ir gavo Jūros slapyvardį. Tačiau kovos draugai dažniausiai ją vadindavo malonybiniais vardais: Gėlelė, Mortelė.
1947 m. gegužės mėnesį Juozui Lukšai išvykus į užsienį Morta iš jo gaudavo užšifruotus nurodymus Lietuvos laisvės kovotojams ir juos perduodavo Tauro apygardos vadui Antanui Baltūsiui-Žvejui. O J. Lukšai į užsienį siunčiamuose šifruotuose laiškuose ir per radijo ryšį, ji teikė informaciją apie įvykius Lietuvoje. Už drąsą ir kruopštų jai pavestų užduočių vykdymą, Morta Linkaitė-Jūra A.Baltūsio-Žvejo buvo apdovanota Padėkos raštu ir Pasižymėjimo lapu.
Morta daug kartų buvo suimta, tardoma, kankinama, tačiau ji nepalūžo ir nieko neišdavė. Visą savo gyvenimą ji pašventė kovai dėl Tėvynės laisvės. Jos gyvenimas – kova ir kančia- žygdarbis Lietuvai. Jau nuo pirmų susitikimų J. Lukša ir M. Linkaitė jautė abipusę trauką. Deja, gražiam, kilniam, švelniam abipusiam jausmui nebuvo lemta išsipildyti...
1949 m. okupantai Mortelę suėmė Skriaudžiuose, prie kapinių. Tada ji ėjo su užduotimi – iš J. Lukšos-Skirmanto ji buvo gavusi direktyvas. Emgebistai Mortą žiauriai kankino, tačiau ir šį kartą nieko nepešė. Mergina liko ištikima priesaikai.
M.Linkaitę teisė Maskvos Ypatingasis teismas. Merginą nuteisė 25-ms metams lagerių ir išvežė į Intos ypatingojo režimo lagerį Komijoje. Kaip rašo Aldona Vilutienė, ją ten ir sutiko. Paprastutė, kukli, tyli, tačiau, ryžtinga, nepalaužta. Nors sunkių darbų ir prasto maisto, fiziškai suluošinta, tačiau tvirtos dvasios ir principų lietuvaitė. Ji širdį atverdavo tik tam, kuriuo pasitiki. Tačiau ten, toje vergiškoje aplinkoje, ar galima buvo kuo pasitikėti? Dėl to moterys dažiausia ir kalbėdavusios apie Tėviškę, jos žmones ir nuostabią gamtą. Ir tik silpnumo valandėlėmis, kai mintis užliedavo švelnūs jausmai ir prisiminimai, šviečiant šiaurės pašvaistei, ar ilsintis ant kietų narų po katorgos darbų, jos širdis atsiverdavo...
Mortelė kartą pasakė, kad baisiausi buvo trys momentai: kai Kauno saugume akistaton atitempė jos nepaeinančią motiną; kai sužinojo, kad sesuo Birutė suimta šoko iš saugumo tardytojo kabineto, esančio trečiame aukšte ir susilaužė stuburą bei kojas; ir kai 1951 metų rugsėjį ją iš Intos Stolypino vagone nugabeno į Kauną ir ten, saugumo rūmų kieme, pamatė savo mylimąjį, legendinį partizaną Juozą Lukšą.
Po šių žodžių, Aldona Vilutienė išgirdo Mortelės tylų, gilų atodūsį, kuris privertė sugrįžti į realybę. O realybė buvo baisi: nepakeliamai sunkus, alinantis darbas, blogas maistas, stuburo ir kojų traumos, kurias jai „padovanojo“ tardytojai. Visa tai labai alino Mortelės sveikatą. Netekusią sveikatos ją išvežė į Abezę – į mirtininkų lagerį. O visiškai neįgalią 1956 metais parvežė į Tėvynę. Kauno geležinkelio stotyje, ją negalinčią judėti, paėmė sesuo ir parvežė į tėviškę.
Nors dar nelaisvos, tačiau labai brangios Tėvynės gamta ir gaivus oras, miško kvapas, suteikė Mortelei jėgų. Ji pakilo ir keletą metų pavaikščiojo su lazdele, tačiau skausmai nesiliovė iki mirties. Antanina Garmutė (1934-2011) rašė: „Kai važiuodami pro šalį užsukdavome į kuklų Mortelės būstą, ji tyliai apsidžiaugdavo. Paskui nukabindavo nuo sienos kankles ir kankinimų iškraipytais pirštais užgaudavo stygas:
Ūžia, trankos griaustiniai po šalį,
Vėtros siaučia visu smarkumu.
Neužmiršk, kas esi, mielas broli,
Neužmiršk, kas lietuviui brangu!“
Mortelė-Jūra, Gėlelė mirė 1992 m. rugpjūčio 11 d. Tada jai buvo tik 65 metai... Sunkus kovos su okupantais kelias ir Gulagų golgota palaužė jos sveikatą. Amžino poilsio Mortelė atgulė Skriaudžių kapinėse. Tačiau didvyriai nemiršta. Kapinėse Dalia Raslavičienė sakė: „Jūsų vaikai ir anūkai mokysis iš jos ginti laisvę.“